En 1626, sur l’insistance de son médecin, Guy de la Brosse, Louis XIII décide la création d’un « jardin royal des plantes médicinales » sur le modèle des jardins botaniques fondés en Italie dans les universités de Padoue (1546) et de Bologne (1568) puis dans celle de Montpellier (1596) dont la faculté de médecine est alors très réputée. Le terrain choisi est une ancienne voirie sur la terre d’Alez, signalé par la butte Coypeau, butte de décharge jouxtant l’abbaye de Saint-Victor. Il est acheté en 1633 et 1636 pour une surface de 18 arpents. En 1635, un édit définit la vocation du jardin : cultiver un échantillon de toutes les plantes connues et assurer un enseignement. Il est inauguré en 1640. Devant l’opposition de la faculté de médecine de l’Université de Paris qui redoute une concurrence à son enseignement, le nombre de professeurs sera, jusqu’à la Révolution, limité à trois postes : botanique, anatomie et chimie.

Le Jardin des Plantes en 1700

Le Jardin des Plantes en 1790

Après une période de déclin, Colbert confie l’administration du Jardin au botaniste Guy-Crescent Fagon, petit neveu de Guy de la Brosse, qui s’entoure de savants remarquables dont Antoine et Bernard de Jussieu. Un nouvel amphithéâtre est construit ainsi que des serres chaudes en 1714 et 1717, équipées d’un réseau souterrain de tuyaux d’air chaud. En 1718, le jardin devient « Jardin royal des Plantes ».

Le Jardin des Plantes en 1850

Vue cavalière du Jardin du Roi. Frédéric Scalberge (1542-1640)  1636 Bibliothèque du Muséum national d'histoire naturelle

Surintendant en 1739, Georges Louis Leclerc comte de Buffon (1707 – 1788) occupe le poste jusqu’à sa mort, durant près de cinquante ans. Il fait du jardin l’un des centres de recherche les plus réputés dans l’Europe du XVIII^e siècle. De 1771 à 1787, il double la superficie du jardin. Il rachète quelques maisons rue du Jardin du roi puis étend le jardin, au sud, vers la Bièvre sur le « clos Patouillet » et jusqu’à la Seine, en rachetant et en échangeant des terrains avec la ville et le couvent des Victorins. Enfin, il achète l’hôtel de Magny, rue de Seine, dans les jardins duquel il fait construire par Verniquet un nouvel amphithéâtre. Edme Verniquet est également l’auteur du belvédère au sommet du labyrinthe aménagé, dès la création du jardin, sur la butte Coypeau.

En 1793, la Convention crée, en lieu et place du jardin, le Muséum d’Histoire Naturelle. Bernardin de Saint-Pierre, nommé intendant du jardin en 1791, crée la ménagerie.

Au siècle suivant, sont construites : la galerie de minéralogie et de géologie de 1833 à 1841 (architecte Charles Rohault de Fleury), la galerie de zoologie de 1877 à 1889 (architecte Jules André – restaurée par Paul Chemetov et Borja Huidobro de 1991 à 1994), la galerie de paléontologie et d'anatomie comparée de 1892 à 1898 (architecte Ferdinand Dutert). Le Jardin des Plantes occupe aujourd’hui 30 hectares.